Tự chủ đại học được cho là xu hướng tất yếu, song vấn đề đặt ra là khi tự chủ, đầu tư ngân sách nhà nước cho các trường ĐH sẽ giảm, mức thu học phí tăng cao. Điều này đặt ra những lo ngại về việc tăng áp lực chi phí cho sinh viên, phụ huynh, ảnh hưởng đến tiếp cận cơ hội giáo dục đại học.
